Микола, який народився у місті Новоград – Волинський Житомирської області, вихованець академії львівських «Карпат». У сезоні – 2012/13 захисник виступав за «Карпати» у елітному вітчизняному дивізіоні (7 матчів) та забив гол у ворота донецького «Шахтаря» на «Донбас – Арені».

У 2013 році Микола Жовтюк вперше прийшов у чернівецьку «Буковину». У 2013-2015 роках Микола провів за «Буковину» 28 офіційних матчів (1 гол). Захисник був капітаном чернівецької команди.

У першій половині сезону – 2015/16 гравець виступав за рівненський «Верес» (також був капітаном команди), а згодом повернувся у «Буковину». У березні 2017 року Микола став віце-капітаном «Буковини». У 2016-2017 роках Жовтюк зіграв за чернівецьку команду ще 16 матчів (2 голи).

Після «Буковини» Микола виступав за ФК «Тернопіль» та житомирське «Полісся». У липні 2018 року досвідчений захисник підписав контракт із херсонським «Кристалом», за який вже провів два сезони (46 матчів, 8 голів).