На тренерському містку «Миколаєва» 42-річний фахівець замінив Руслана Забранського. Зараз у першоліговій першості України МФК «Миколаїв» посідає 9 місце серед 15 команд.
Сергій Юрійович тренував чернівецьку «Буковину» у червні-грудні 2016 року. У січні 2017 року Сергій Шищенко став головним тренером команди «Шахтар» (Донецьк, U19). Залишив донецький колектив Шищенко у травні 2018 році.
Останнім часом відомий футболіст і тренер виступав за національну збірну України серед ветеранів.
Сергій Шищенко: «Буковина» - команда, яку люблять та поважають» (ВІДЕО)
